Hôn nhân giữa anh chị em ruột đã được biết tới ở Ai Cập cổ đại, mặc dù đây không phải là một tục lệ phổ biến, nó là điều có thể chấp nhận được đối với người Ai Cập;[25] nhà Ptolemaois đã thực hiện điều này, có lẽ là để củng cố triều đại.[26] Vào năm 116 TCN, Ptolemaios VIII qua đời và di chiếu của ông ta cho phép Cleopatra III cai trị bên cạnh một người đồng cai trị mà bà lựa chọn giữa hai người con trai của mình; bà ta muốn chọn Ptolemaios X nhưng người dân của Alexandria (kinh đô của Ai Cập) chống lại điều này, buộc bà ta phải chấp nhận sự lên ngôi của Ptolemaios IX.[27] Không lâu sau khi lên ngôi,[28] Cleopatra III đã ép Ptolemaios IX ly dị Cleopatra IV,[29]người em gái mà ông ta đã cưới trước khi người cha của họ qua đời;[30]nhà sử học thế kỷ thứ 2, Justin ngụ ý rằng Cleopatra III đã sắp đặt điều này là một điều kiện để chấp nhận ông ta là người đồng trị vì.[31] Cleopatra Selene, được ủng hộ bởi người mẹ Cleopatra III của bà, đã được chọn làm vương hậu mới của Ai Cập vào năm 115 TCN.[10] Vào năm 107 TCN, mối quan hệ giữa Ptolemaios IX và người mẹ của ông ta đã xấu đi;[32] Cleopatra III đã buộc ông ta rời khỏi Ai Cập, và ông ta đã bỏ lại vợ con mình.[33]

Vào cùng năm đó, 107 TCN, Cleopatra Selene có thể đã kết hôn với vị vua mới, người em trai của bà, Ptolemaios X.[34] Vào năm 103 TCN, Ptolemaios IX đã tiến hành gây chiến ở Judea.[35] vị hoàng thái hậu đã lo sợ về một liên minh chống lại bà giữa Ptolemaios IX và người bạn của ông ta, Antiochos IX của Syria, người cũng đang tiến hành một cuộc nội chiến chống lại người anh trai Antiochos VIII của mình; điều này khiến cho bà đưa quân tới Syria.[33] Cleopatra III và Ptolemaios X đã chinh phục Ptolemais, và theo Justin, nhà vua căm phẫn bởi sự tàn bạo của mẹ mình, đã từ bỏ bà và bỏ trốn; Cleopatra III sau đó quyết định gả Cleopatra Selene cho Antiochos VIII,[36] như là một biện pháp để khiến cho Antiochos VIII đứng về phía bà ta nhằm chống lại liên minh giữa Ptolemaios IX và Antiochos IX.[33]Nếu như Cleopatra Selene được chấp nhận là đã cưới Ptolemaios X, thì Cleopatra III đã cho bà ly dị ông ta khi ông ta bỏ trốn.[note 3][36][34]